Terjadi hujan dengan intensitas tinggi di Kel. Sampangan Kec. Pekalongan Timur, Kec. Kota Pekalongan pada hari Minggu, 27 Januari 2019, Pukul: 00.30 WIB. Banjir di sebagian besar wilayah Kota Pekalongan. Terdapat 9 titik pengungsian  meliputi:

• Markas PMI Kota Pekalongan, 168 jiwa
• Masjid Jami Setono, 250 jiwa
• Rumah Dinas Lurah Karangmalang Setono, 25 jiwa
• Masjid Al Karomah, 500 jiwa
• Stadion Kraton
• Mushola Assunah Krapyak Kidul, 150 jiwa
• Ponpes Assyarifiah Krapyak Lor
• Masjid Perum BRD Pringrejo, 40 jiwa
• Mushola Baitul Makmur Depan SMP 17 Degayu, 28 jiwa
• Kel. Tirto, 300 jiwa
• Samjanga, 100 jiwa
• TK Mashitoh, 50 jiwa
• Aula Kec. Bayat, 52 jiwa
• Kd.Tirto
• Alfalah Tirto, 158 jiwa
• Al Saidah BRD, 40 jiwa
• Arrorym Kh. Majan, 60 jiwa
• Al Ikhsan Tirto, 130 jiwa
• Mushola Panjang, 40 jiwa

Total keseluruhan sementara pengungsi sampai saat ini sebanyak 2.091 jiwa. (data masih terus berubah). Tidak ada korban jiwa di kejadian ini, dan kerugian masih dalam perhitungan. BPBD Kota Pekalongan terus melakukan pendataan korban terdampak banjir serta titik-titik pengungsian, dan Mendirikan Dapur Umum di GOR Jatayu dan Kantor BPBD Kota Pekalongan untuk sarapan korban terdampak banjir dengan kapasitas layanan 3.500 nasi bungkus.