Banjir pada 7 Januari 2020 pukul 20.30 WIB di Kec. Pekalongan Utara, Kec. Pekalongan Timur, Kec. Pekalongan Barat. Hujan lebat menyebabkan aliran sungai meluap dan menggenangi pemukiman di bantaran sungai. Ketinggian air mencapai 40 cm. Total 3 kecamatan dan 9 kelurahan tergenang banjir. Kondisi saat ini air sudah mulai surut. BPBD Kota Pekalongan bersama PMI Kota Pekalongan melakukan assessmen dan menghimbau warga untuk mengungsi bila air meninggi.